La procesión se celebraba ya en el siglo XVI, antes de la fundación de la Hermandad, por los dominicos que sacaban la imagen en procesión todas las madrugadas del Viernes Santo. En el año 2002 se adelantó la salida a las 22:00 horas del Jueves Santo. En el año 2006 la estación de penitencia vuelve a ser en la madrugada del Viernes Santo, comenzando a las 00:00 horas.

En la madrugada del Viernes Santo Jesús Nazareno camina por las calles en silencio, sin acompañamiento musical, teniendo lugar en la Plaza de la Inmaculada Concepción (Terreras), en el Pasaje de la Merced y en el Camarín de la Virgen del Prado cantos de misereres a la imagen a cargo de una coral. En la Plaza de Santiago, las Hermanas de la Cruz le cantan también al Señor todos los años el canto tradicional "Sube el Nazareno". El Coro de Don Bosco canta a Jesús Nazareno en el retablo cerámico situado en la calle Lanza al lado de la Iglesia de San Pedro. Durante esta estación de penitencia también se realizan meditaciones sobre la Pasión de Cristo, siendo el número de las mismas, 7, en semejanza a las 7 palabras que Cristo pronunció antes de morir.